Tout débute lorsqu’Arata touche accidentellement Hermes Apocrypha, le grimoire de Lilith. Cela a pour conséquences de faire apparaître une fille se nommant Lilim et qui considère Arata et Lilith comme…

Mitsuha est une lycéenne, la fille du maire d’une petite ville nichée entre les montagnes. Vivant avec sa petite sœur et sa grand-mère, c’est une demoiselle franche qui n’hésite pas…